A HEPA egy rendkívül hatékony légrészecskeszűrő, amelynek szűrési hatékonysága a 0,4 mikronos részecskék 99,2%-a, míg a hagyományos mikroszűrők csak az 1-2 mikron méretű részecskéket szűrik ki. Alapvetően egy nagyméretű, üvegszálból készült lapos szűrőről van szó, amelyet sokszor harmonika alakra hajtanak össze. Azonban nem korlátozza a levegő áramlását, ami növeli a szűrőrendszer általános hatékonyságát. Ha a szűrő csak egy rétegből állna, annak hatásai jelentéktelenek lennének. Harmonikává összehajtva szinte semmilyen porszemcsét nem enged be, csak tiszta levegőt. A PFlux 3 fel van szerelve a HEPA szűrő eltömődésének jelzőjével, amit a gép kezelőpaneljén lévő LED lámpa jelez. A szívótömlőt a mikroszűrő hulladéktartályán lévő nyakba csatlakoztatva a HEPA szűrőben negatív nyomás jön létre, amely eltávolítja a por nagy részét a szűrőkamrákból, majd leülepszik a fő hulladéktartályban. A szűrőtisztítást még hatékonyabbá teheti, ha a szűrőt kívülről fújja sűrített levegővel.